Školská rada je zřizována dle § 167 školského zákona jako orgán umožňující zákonným zástupcům nezletilých žáků, zletilým žákům a studentům a pedagogickým pracovníkům školy podílet se na správě školy. Předsedou školské rady je Ing. Martin Řepka.
Členové školské rady Gymnázia Dr. Josefa Pekaře
- Mgr. Zdeňka Eclerová (jmenována zřizovatelem – Středočeský kraj)
- Mgr. Daniel Marek (jmenován zřizovatelem – Středočeský kraj)
- MUDr. Lenka Lískovcová (zvolena zákonnými zástupci a zletilými žáky)
- Ing. Martin Řepka (zvolen zákonnými zástupci a zletilými žáky)
- Mgr. Dana Cymorková (zvolena pedagogickými pracovníky)
- PaedDr. Monika Fialová (zvolena pedagogickými pracovníky)